El actual edificio de la estación de Atxuri fue levantado en 1912, en sustitución de la terminal original de 1882, pues esta se quedó pequeña. Fue diseñada por el arquitecto Manuel María Smith.

En la entrada de la estación, se puede ver un conjunto de escudos compuesto por el Bizkaia, Gipuzkoa y Álava, además de las cadenas del escudo de Navarra. Esto es debido a que, cuando se construyó esta estación, la compañía Ferrocarriles Vascongados tenía previsto hacerse con el Ferrocarril Vasco-Navarro, adquisición que finalmente no se produjo.