La Iglesia parroquial de los Santos Juanes, del siglo XVII, ocupa, junto con el Museo Vasco, lo que en su día fue una fundación jesuítica extramuros del casco histórico de la Villa: el conjunto de la Iglesia y el Colegio de San Andrés.

Sometida a sucesivas transformaciones, esta iglesia de estilo barroco con elementos renacentistas, dispone de un altar dedicado al Sagrado Corazón, único en el mundo.

Tras las inundaciones de 1983, fue restaurada bajo la dirección del arquitecto Miguel Ángel Corcuera. Es un modelo de iglesia jesuítica, con planta de cruz latina inscrita en un rectángulo y nave central con capillas a ambos lados.